A oração a que você se refere é extraída da Liturgia da Eucaristia e é dita pelo sacerdote quando ele coloca água e vinho no cálice. Não significa que a Igreja ensina que nós somos ou nos tornaremos o próprio Deus.
Às vezes os teólogos católicos falam da "divinização do homem". Não se preocupe. Isto não é ensinamento da Nova Era. A Bíblia diz que os cristãos são "participantes da natureza divina" (2Pedro 1,4). Isto significa que começamos a compartilhar da vida divina da graça de Deus neste mundo. Somos divinizados quando Deus habita dentro de nós.
Os teólogos rapidamente observam que este compartilhamento da natureza divina, embora verdadeiro, é uma participação criada na vida de Deus. Como criaturas, nunca poderemos nos transformar no Deus não-criado.