Você está apresentando uma falsa dicotomia. Os protestantes são "irmãos" porque são companheiros cristãos. Mas são "separados" porque lhes faltam elementos da fé cristã completa e não estão em comunhão com a autoridade de ensino da Igreja divinamente estabelecida: o Papa e os Bispos da Igreja Católica.
Eles são hereges? Depende do que você quer dizer com isso. A Igreja faz distinção entre "heresia material" e "heresia formal". "Heresia material" ocorre quando um cristão, devido a ignorância invencível, crê em coisa errada, quer porque afirma algo que não é verdadeiro, quer porque nega algo que é [verdadeiro]. Tanto os católicos quanto os protestantes caem neste erro.
A "heresia formal", por outro lado, envolve os cristãos que obstinada e culpavelmente negam uma verdade que deve ser crida com fé divina e católica. Um herege formal sabe que ele deveria aceitar a verdade que rejeita, mas mesmo assim recusa-se a aceitá-la.
A maioria dos protestantes não são hereges formais. Eles crêem nas coisas [erradas] por causa da educação [religiosa que receberam] ou porque erroneamente acreditam que a Bíblia ensina as doutrinas protestantes. Não há, da parte deles, [real] desejo em rejeitar a Palavra de Deus ou o legítimo depositário dessa Palavra, acima apontado.