Não obstante a sua crença na animação tardia e infusão da alma, São Tomás também ensinava que [a prática] do aborto era errada já desde o momento da concepção. Ele acreditava que esta prática seria pecado mortal pela manifestação de uma vontade homicida, mesmo que, como ele pensava, o homicídio não fosse realmente cometido nos primeiros estágios da gravidez.
A oposição de São Tomás, portanto, se compatibiliza perfeitamente com o ensinamento da Igreja Católica, ainda que a razão pela qual ele condenava a prática do aborto fosse diferente da razão apresentada pelos teólogos e moralistas católicos de hoje.
Mas por que São Tomás acreditava que a infusão da alma ocorria somente algum tempo depois da concepção? Porque ele aceitava a Ciência de seus dias, que ensinava a teoria da geração espontânea da vida (a idéia de que a vida brota espontaneamente a partir da matéria não-viva).
Aplicada à reprodução humana, esta teoria sugeria que (aparentemente) os elementos não-vivos de contribuição de cada genitor – "matéria fetal" no caso da mãe e fluído seminal no caso do pai – eram sucessivamente transformados de matéria não-viva em vida vegetativa, [vida] animal e, finalmente, [vida] humana.
Pensava-se que cada um desses estágios [de vida] se dava pela infusão de um alma: a vida vegetativa através da infusão de uma alma vegetativa; a vida animal pela infusão de uma alma animal; e a vida humana pela infusão de uma alma humana.
Assim, de acordo com São Tomás, a alma é a forma do corpo, ao qual dá vida e torna um organismo no tipo de criatura que ele é; se um organismo possui qualidades distintamente humanas, podemos concluir que ele possui uma alma humana.
Como os primeiros cientistas não observavam nada distintamente humano nos primeiros estágios do desenvolvimento humano (eles nada conheciam de genética, nem possuíam microscópios), concluíam que não havia alma humana presente.
A biologia moderna tem demonstrado que o "concepto" possui traços distintivamente humanos. Ele está vivo e possui um código genético humano para guiar o seu crescimento e desenvolvimento. Se São Tomás de Aquino tivesse acesso aos dados deste conhecimento, seus princípios o teriam levado a concluir que a infusão da alma se dava no momento da concepção.