Devido a Bíblia não vir com um índice inspirado, a doutrina da Sola Scriptura criou um outro dilema: como alguém pode saber quais são os livros que pertencem à Bíblia – principalmente, ao Novo Testamento? Um fato inquestionável é que ninguém pode saber disso, a menos que alguma coisa fora da Bíblia mostre a resposta. E sem dúvida, este detalhe a mais deve ser, por necessidade, infalível, pois a possibilidade haver erro na definição dos livros inspirados [20] significa que todos os cristãos estariam correndo o risco de estar lendo livros não-inspirados, uma situação que tornaria a Sola Scriptura defeituosa. Porém, se houve tal autoridade “extra-bíblica”, a doutrina da Sola Scriptura desaba da mesma forma.
Outro fato histórico que dificulta ainda mais a aceitação desta doutrina é que não houve qualquer outra instituição que tenha identificado e ratificado o cânon da Bíblia. Os três Concílios mencionados anteriormente, todos, eram concílios católicos. A Igreja Católica deu a sua definição final do cânon da Bíblia no Concílio de Trento em 1546 – nomeando os mesmos 73 livros que já haviam sido incluídos desde o século 4. Se a Igreja Católica é capaz, então, de conceder uma definição autoritária e infalível de tão importante assunto sobre quais livros deve conter a Bíblia, logo com que bases alguém pode questionar sua autoridade em outros assuntos acerca de fé e moral?
Os protestantes, no mínimo, devem, assim como o seu fundador, Martinho Lutero, reconhecer que a Igreja Católica protegeu e organizou a Bíblia: Somos obrigados a reconhecer muitas coisas aos católicos – (como por exemplo), que eles possuem a Palavra de Deus, que nós recebemos deles; de outro modo, não saberíamos nada sobre ela [21].
